Pierwszy raz nazwa zamek Dunajec łac. novum castrum de Dunajecz pojawiła się w dokumencie z 1325 zapisana jako własność rodu Jana i Rykolfa panów na Brzozowicy. Byli to wnukowie comesa spiskiego Rudygera z Tyrolu, który za nadaniem króla Węgier Andrzeja II w roku 1209 lokował Niedzicę. Do roku 1470 zamek pozostawał w dobrach potomków Rudygera, a następnie stał się własnością comesa spiskiego Emeryka Zapolya. Dobra zamku niedzickiego rozciągały się na całe Zamagurze.

Początkowo zamek ten stanowił węgierską strażnicę na granicy z Polską. W 1470 przeszedł w ręce rodu Zapolyich, następnie, na okres 60 lat w posiadanie Łaskich (Hieronima, a później jego syna Olbrachta). Znany z hulaszczego trybu życia Olbracht Łaski zamek najpierw zastawił, a później sprzedał Jerzemu Horvathowi, który starannie go odbudował przekształcając przy okazji w okazałą renesansową rezydencję (w znacznej części w takiej postaci zachował się po dziś dzień). W 1858 zamek przejął kolejny węgierski ród – Salamonowie.

Po zakończeniu I wojny światowej zamek znalazł się na terytorium Polski, choć własnością Salamonów pozostawał aż do 1945. Istotny fakt z tego okresu to zachowanie w dobrach zamkowych aż do 1931 (najdłużej w Europie) szczątkowych form pańszczyzny. Od 1948 prowadzono na zamku prace restauracyjne i częściową odbudowę. W części pomieszczeń utworzono dom pracy twórczej Stowarzyszenia Historyków Sztuki, inne udostępniono do zwiedzania, tworząc muzeum wnętrz i historii regionu spiskiego. W 1960 w baszcie urządzono stację sejsmologiczną Zakładu Geofizyki PAN.

Jedną z najbardziej tajemniczych kart w historii zamku jest odnalezione, podobno tuż po II wojnie światowej, inkaskie "kipu" – rodzaj zapisu informacji pismem węzełkowym, które zawiera ponoć informacje o ukrytym skarbie.

Wg legendy - przynajmniej w części potwierdzonej - pod koniec XVIII wieku na zamku i w jego okolicy rezydowali Inkowie: potomkowie Tupaca Amaru II oraz część arystokracji, uciekający przed hiszpańskimi prześladowaniami. Na terenie zamku inkascy zbiegowie mieli też ukryć część skarbu przeznaczonego - prawdopodobnie - na sfinansowanie powstania przeciw Hiszpanii.
Andrzej Benesz miałby być potomkiem pro lege Wacława Benesza, kuzyna Sebastiana de Berzeviczego, który wyemigrował w XVIII wieku do Peru i tam ożenił się z inkaską kobietą szlacheckiego pochodzenia. Z tego związku mieli córkę Uminę, która stała się żoną bratanka Tupaca Amaru II, przywódcy indiańskiego powstania w latach 1780–1781. Po rozpoczęciu prześladowań rodu Tupaków przez władze hiszpańskie, mąż Uminy uciekł wraz z Sebastianem, żoną i synem – Antonio do Wenecji, gdzie zginął zasztyletowany. Sebastian, Umina i Antonio zbiegają na północne Węgry (od 1920 teren ten należy do Polski), do zamku w Niedzicy. Umina – podobnie jak wcześnie jej mąż – zostaje zasztyletowana przez ścigających ją Hiszpanów. Sebastian ratuje życie wnuka i sprowadza radę emisariuszy Inków, którzy spisują akt adopcji – zwany także Testamentem Inków. Odtąd Antonio staje się synem Wacława Benesza i zamieszkuje na Morawach. Andrzej Benesz – poprzez swego ojca Jana i dziadka Ernesta – miałby być prawnukiem Inki. Według niepotwierdzonych do końca informacji – odnalazł on kipu na zamku w Niedzicy, a nawet próbował znaleźć hipotetyczny skarb Inków. Poszukiwania nie dały rezultatów. Zginął w wypadku samochodowym, co miałoby świadczyć o klątwie inkaskich kapłanów (targnięcie się na kipu i skarb bez zgody rady emisariuszy Inków)^.

Zamek był plenerem m.in. seriali telewizyjnych Janosik oraz Wakacje z duchami. W połowie lat pięćdziesiątych XX wieku kręcono tutaj zdjęcia do filmu Zemsta na podstawie komedii Aleksandra Fredry, w 1975 r. powstał na zamku niedzickim film Mazepa, zrealizowany na podstawie dramatu Juliusza Słowackiego. Obiekt jest również miejscem akcji w książce przygodowej Agi Paszkot Ciotka, licho i niedzickie zamczycho.

Dzisiaj zamek spełnia funkcje muzealno-hotelowo-gastronomiczne, będąc jedną z największych atrakcji historycznych południowej części województwa małopolskiego. Do zamku prowadzi "aleja". Za bramą wejściową i sienią znajduje się dziedziniec zamku dolnego. W obrębie tej części zamku mieszczą się pokoje gościnne, kawiarnia, a w dawnej sali balowej restauracja. W części muzealnej można zobaczyć tzw. komnaty Salamonów, wyposażone w przedmioty z XVI-XIX w. Drewniane schody prowadzą na taras widokowy. Przez koleją bramę wiedzie wejście do zamku górnego i do zamkowych lochów, które służyły jako piwnice, a także jako więzienie (obecnie urządzono tu tzw. izbę tortur). Na skraju dziedzińca zamku górnego znajduje się studnia wykuta w litej wapiennej skale na głębokość ponad 60 m. W tzw. Izbach Pańskich na zamku górnym zobaczyć można: salę myśliwską, izbę żupną i izbę straży.